Le microbiote, de la physiopathologie à la thérapeutique : compte rendu de la 8e journée du GInGer

La 8^e journée de l’Intergroupe SPILF/SFGG (groupe d’infectiogériatrie GInGer) s’est tenue le 14 décembre 2017 au Musée social, à Paris. Elle a permis de réunir 70 participants. Les communications sont disponibles sur le site : http://www.infectiologie.com/fr/journees-2017.html

La matinée a été consacrée au lien entre microbiote et infections :

• Le Dr Emmanuel Montassier (Nantes) a présenté l’histoire du microbiote de l’invention du microscope en 1677 aux dernières techniques de métagénomique ciblées sur l’ARNr 16S ou non ciblées (“shotgun” métagénomique). Ces techniques permettent notamment de décrire la flore bactérienne de populations saines ou malades et d’étudier les fonctions bactériennes exprimées au sein du microbiote.
• Le Dr Claire Roubaud-Baudron (Bordeaux) a ensuite engagé le dialogue autour du microbiote, des antibiotiques et de la susceptibilité aux infections. Après un rappel des effets des antibiotiques sur le microbiote (modification de densité, de diversité, pression de sélection) selon leur mode d’administration et d’élimination, le rôle de défense du microbiote a été discuté (inhibition directe, compétition avec les pathogènes et action sur les cellules épithéliales ou immunitaires). L’effet de l’antibiothérapie sur la flore digestive, à l’origine d’une susceptibilité ultérieure à des infections, a aussi été abordé.
• Le Dr Tatiana Galpérine (Lausanne) a ensuite divulgué des pistes prometteuses concernant la transplantation de microbiote fécal (TMF). L’indication actuellement retenue est l’infection récidivante à Clostridium difficile : la transplantation fécale pourrait être une alternative à la chirurgie dans le traitement des formes compliquées et/ou sévères. Des développements sont en cours, avec la création de banques de selles congelées, conservées de 6 à 24 mois. Par ailleurs, le mode d’administration sous forme de capsules congelées devrait faciliter le recours à la TMF. Enfin, d’autres études en cours portent sur l’intérêt potentiel de la TMF dans la décolonisation des bactéries multirésistantes (BMR), des bactéries hautement résistantes émergentes (BHRe) et dans diverses autres situations de dysbiose (maladie inflammatoire chronique de l’intestin [MICI]…). Les limites actuelles de la TMF sont la sélection des donneurs et les conséquences encore inconnues à long terme. Le registre français de suivi des TMF (COSMIC) devrait apporter des éléments de réponse sur le moyen terme (3 ans).
• Enfin, le Pr Claire Andréjak (Amiens) a présenté une communication sur le rôle du microbiote bronchique dans les pathologies respiratoires. Contrairement aux anciens dogmes, on sait aujourd’hui que le parenchyme pulmonaire n’est pas stérile. En revanche, le microbiote pulmonaire est plus difficile à analyser que celui du tube digestif. Cette difficulté vient du fait que les matériels microbiologiques étudiés sont très hétérogènes, allant de l’écouvillon naso-pharyngé à l’analyse de parenchyme sur des explants pulmonaires.

Des modifications de la flore respiratoire sont observées dans différentes pathologies (tabagisme, mucoviscidose, dilatation des bronches [DDB], asthme, bronchopneumopathie chronique obstructive [BPCO], bronchiolite oblitérante post-transplantation…), avec un impact pronostique, une altération de la fonction respiratoire et de l’inflammation locale. L’évolution se fait souvent vers une augmentation de la quantité de bactéries au détriment de la diversité. Le Pseudomonas aeruginosa est un élément péjoratif déterminant de l’évolution du microbiote. Les thérapeutiques, en particulier les antibiotiques, sont aussi à l’origine de modifications du microbiote pulmonaire. Les corticoïdes inhalés pourraient aussi avoir une influence sur celui-ci.